Im Jahr 2023 betrugen die Gesamteinnahmen der ZIB 30,0 Millionen Euro. Der größte Teil davon wurde vom Land Berlin als finanzieller Grundstock des ZIB (9,8 Mio. Euro) zur Verfügung gestellt, einschließlich der allgemeinen Investitionen. Davon stammten 523.000 Euro aus dem Härtefallfonds Strom, der im nächsten Jahr ausläuft. Ergänzt wurde der finanzielle Grundstock durch das Budget des NHR-Zentrums am ZIB (8,7 Mio. Euro im Jahr 2023, zur Verfügung gestellt vom Land Berlin, aber kofinanziert durch den Bund und die am HLRN beteiligten Bundesländer). Auch hier stammen 1,4 Millionen Euro aus dem Strom-Härtefonds des Bundes, der im nächsten Jahr ausläuft. Ein weiterer großer Teil des Budgets sind die Drittmittel (insgesamt 8,8 Millionen Euro), die das ZIB bei öffentlichen Förderern (vor allem DFG und BMBF) und über industrielle Forschungsprojekte einwirbt. Nicht zuletzt gibt es eine Vielzahl weiterer Zuwendungen, wie z.B. das Forschungsservicebudget von KOBV und digis, in Höhe von insgesamt knapp 2,8 Millionen Euro.
